Με την εφαρμογή ενός συστήματος συμψηφισμού του ΦΠΑ γίνεται πλέον προσπάθεια να μπει μια σειρά με το θέμα αυτό. Σύμφωνα με όσα εξήγγειλε ο πρωθυπουργός – κατά την επίσκεψή του στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους – η χώρα αποκτά ένα σύστημα συμψηφισμού παρόμοιο με αυτό που ισχύει σε χώρες όπως η Ισπανία, η Πορτογαλία, το Ηνωμένο Βασίλειο και η Μάλτα.
Το προς υιοθέτηση σύστημα θα εφαρμόζεται όχι μόνο στις συναλλαγές μεταξύ δημοσίου και ιδιωτών αλλά και των ιδιωτών μεταξύ τους.
Εν τάχει: μέχρι τώρα υπήρχε η γνωστή σε όλους στρεβλότητα, να πρέπει δηλαδή να καταβληθεί ο ΦΠΑ ακόμη κι αν δεν είχε εξοφληθεί (ή έστω πληρωθεί εν μέρει) ένα τιμολόγιο – ειδικά δε από το 2009 και μετά που τα περισσότερα τιμολόγια εξοφλούνται, στην καλύτερη περίπτωση μετά από ένα εξάμηνο, ενώ ο ΦΠΑ έπρεπε να αποδοθεί στην ώρα του.
Σύμφωνα με τον νέο τρόπο που θα εφαρμοσθεί από το φθινόπωρο, όταν μία επιχείρηση εκδίδει ένα τιμολόγιο θα είναι υπόχρεη για την καταβολή του ΦΠΑ μόνο όταν το τιμολόγιο πληρωθεί. Επιπλέον, ο παραλήπτης των παραστατικών εκπίπτει τον ΦΠΑ μόνο όταν πληρώσει το παραστατικό.
Επίσης, σύμφωνα με όσα έχουν γίνει γνωστά, σε πρώτη φάση ο συμψηφισμός θα αφορά επιχειρήσεις και επιτηδευματίες με τζίρο έως 500.000 ευρώ ετησίως, ενώ σύντομα θα επεκταθεί και σε επιχειρηματίες με ετήσιο τζίρο έως 2 εκατ. ευρώ και θα καλύπτει πάνω από το 85% των συναλλαγών. Τέλος, το νέο καθεστώς θα λειτουργεί σε προαιρετική βάση και από τη στιγμή που μία επιχείρηση έχει αποφασίσει να το εφαρμόσει θα υπάρχει μία ελάχιστη διάρκεια συμμετοχής ενός έτους.
Ο Αντώνης Σαμαράς γνωστοποίησε επίσης πως θα καταργηθούν όλα τα πρόστιμα που επιβλήθηκαν σε επιχειρήσεις λόγω μη καταβολής ΦΠΑ ο οποίος δεν τους είχε καταβληθεί από το ίδιο το Δημόσιο.