Την κάθοδο του Ηρακλή στη Γ’ Εθνική, στον 2ο όμιλο (μαζί με Α.Σ. Φίλιππο Αλεξάνδρειας, Μέγα Αλέξανδρο Τρικάλων και Νάουσα) αποφάσισε τελικά η γενική συνέλευση που πραγματοποιήθηκε την Τετάρτη στη Θεσσαλονίκη.
Έτσι η ιστορική ομάδα της συμπρωτεύουσας θα αγωνιστεί κανονικά στην Γ’ Εθνική κατηγορία, το σενάριο για συνένωση με την ομώνυμη ομάδα των Αμπελοκήπων δεν προκρίθηκε και ο Ηρακλής θα αγωνιστεί την Κυριακή στην πρώτη αγωνιστική με την ΑΕ Καρίτσας.
Να σημειωθεί πως ο Ηρακλής στον πρώτο γύρο θα συναντήσει τις ημαθιώτικες ομάδες με την ακόλουθη σειρά: την τρίτη αγωνιστική (15/10/2017) στα Τρίκαλα θα παίξει με τον Μ. Αλέξανδρο, την δέκατη αγωνιστική (19/11/2017) με τη Νάουσα και την 14η αγωνιστική (10/12/2017) στην Αλεξάνδρεια με τον Α.Σ. Φίλιππο.