Πολύς λόγος έχει γίνει για τις επιδοτήσεις- ενισχύσεις μέσω του ΕΛΓΑ που είχαν δοθεί την περίοδο 2008/2009 στους αγρότες (οι γνωστές και ως “επιδοτήσεις Χατζηγάκη”, από το όνομα του τότε υπουργού Γεωργίας).
Η Κομισιόν έκρινε παράνομες τις εν λόγω επιδοτήσεις με το σκεπτικό ότι νόθευαν τον ευρωπαϊκό ανταγωνισμό, καλώντας το ελληνικό δημόσιο να τις πάρει πίσω από τους αγρότες, υπό την απειλή της καταδικαστικής απόφασης και της επιβολής προστίμου.
Το Υπουργείο Οικονομικών, απαντώντας σε ερώτηση βουλευτών σχετικά με το θέμα των επιδοτήσεων της περιόδου εκείνης έκανε γνωστό με σχετικό του έγγραφο πως δεν πρόκειται να δημιουργηθεί δημοσιονομικό κενό λόγω της απόφασης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, αφού τα συγκεκριμένα ποσά που είχαν δοθεί τότε θα καταβληθούν από τις αγροτικές επιχειρήσεις που τις είχαν εισπράξει. Στο έγγραφο του ΥΠΟΙΚ αναφέρεται επίσης ότι αν δεν υλοποιηθεί η αίτηση ανάκτησης (της απόφασης), τότε θα επιδιωχθεί σε συνεννόηση με την ΕΕ “η βέλτιστη διευθέτηση για τις επιχειρήσεις” ενώ η διαδικασία επιστροφής – αν τελικά η ΕΕ επιμείνει στην επιστροφή – θα καθοριστεί από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων.